Mizoguchi Kenji sinh ngày 16 tháng 05 năm 1998 tại khu vực Yushima, quận Hongō, Tokyo, Nhật Bản (nay là khu vực Bunkyō, Tokyo)[4] trong một gia đình năm người với bố là Zentaro, thợ mộc lợp mái nhà, mẹ là Masa, chị gái Suzu, em trai Yoshio. Ban đầu, gia đình của ông thuộc về tầng lớp trung lưu cho đến khi biến cố xảy ra. Năm 1904, Chiến tranh Nga – Nhật nổ ra, bố của ông quyết định chuyển sang làm công nhân sản xuất trang bị quân đội phục vụ để kinh doanh. Cuộc chiến chỉ kéo dài hơn một năm, kết thúc nhanh chóng khiến cho việc đầu tư của bố ông thất bại, thiệt hại tài sản gia đình. Sau đó, gia đình phải đưa một người con gái, chị của ông là Suzuko hoặc Suzu tới quận Asakusa, gần với rạp chiếu phim và nhà thổ, trở thành một geisha. Sự kiện này đã khiến cho gia đình của ông nảy sinh mâu thuẫn, bố đối xử bạo lực với mẹ cùng chị em của ông, gây ảnh hưởng lớn tới hồi ức của ông về gia đình, xuyên suốt quãng thời gian dài trong đời.[5]

Năm 1911, gia đình trở nên nghèo túng, không thể chu cấp cho các con theo học, phải chuyển ông đến nhà cậu ở thành phố Morioka, miền Bắc Nhật Bản. Ông ở đây một năm, mắc phải bệnh viêm khớp dạng thấp, khiến suốt thời niên thiếu và cả cuộc đời phải đi khập khiễng. Sang năm 1912, ông về nhà và phải nằm trên giường vì căn bệnh. Sau đó, chị gái Suzu của ông đã giới thiệu và giúp ông tham gia học việc, thiết kế các mẫu kimono và yukata. Năm 1915, mẹ ông qua đời, hai em trai cùng đến sống với chị gái và được chị chăm sóc, lúc này Suzu đã kết hôn với Tử tước Matsudaira Tadamasa, người chủ của geisha ban đầu. Năm 1916, ông tham gia khóa học ở Trường Mỹ thuật Aoibashi Yoga Kenkyuko ở Tokyo, nơi dạy kỹ thuật hội họa phương Tây. Những năm này, ông theo đuổi sự quan tâm với opera bằng cách tham gia công việc trang trí Royal Theatre ở Asakura. Năm 1917, chị gái Suzu tiếp tục giúp ông tìm kiếm việc làm, tới Kobe làm thiết kế quảng cáo tại tạp chí Yuishin Nippon. Tuy nhiên, ông cảm thấy không phù hợp với công việc này, sau chưa đầy một năm ở Kobe, trở lại Tokyo và làm những gì mình thích. Ông tốt nghiệp Trung cấp Mỹ thuật Tokyo vào năm 1920.[6]